乾隆皇帝东巡时与女子夏雨荷有一段露水姻缘,并生下一个女儿夏紫薇。多年后,夏雨荷病逝。紫薇偕丫环金锁带着当年乾隆留下的信物,从济南千里迢迢到北京城去与失散多年的父亲相识。主仆两人到京城后根本无法进宫面圣,在走投无路之际遇上了女飞贼小燕子,并结为好友。小燕子热心为她想办法混入宫,但在阴差阳错中与紫薇互换了身份,成为清宫中的“还珠格格”,而紫薇却落得一无所有,连唯一的证物都失去了。皇上为庆贺重获爱女举行祭天酬神的仪式,仪仗队伍行经市街,正巧被紫薇、金锁看到。激动之余紫薇昏倒在地,被大学士福伦之子福尔康所救。福府在知道其身世后将她收留。小燕子并非无义之人,只是骑虎难下,加上宫内处处不自由,朝中的争权、三宫六院的争宠,更使她对原来的自由生活怀念不已。虽然皇上和令妃对小燕子宠爱有加,却引起了皇后的反感,五阿哥永琪、福伦的二子尔康、尔泰与小燕子成了好朋友。在探明小燕子的真心后,尔康、尔泰兄弟把收留紫薇之事说出。一切真相大白,但为了安全,五人决心共守秘密。紫薇与小燕子解除了误会,与尔康的感情也日深;小燕子与永琪亦产生了情愫,四人碍于身份皆不敢表态。小燕子将紫薇弄进宫做贴身丫头,但两人情同姊妹的感情渐渐让周围的人产生怀疑。而皇上对紫薇也有说不出的亲切感,却引起了皇后的妒意。在容嬷嬷的怂恿下,皇后竟派人将紫薇抓进寝宫内严刑拷打,又将她关进密室。小燕子发现紫薇失踪后心急如焚,尔康等夜探慈宁宫,终于找到了奄奄一息的紫薇。次日,小燕子再请乾隆出马对付皇后,总算将紫薇救出,化险为夷。乾隆南巡下江南 尔康紫薇永琪小燕子等一并同行。期间,经历过采荷一事后,永燕终于表情。而之后的庙会上,有人行刺乾隆,紫薇挡下了一刀,也是极其致命的。尔康看着乾隆望向紫薇的眼神表情,醋意大发。后来回京,乾隆大赏小燕子紫薇。藏王偕公主塞娅前来紫禁城欲向大清示威,派出武士数十人与大清武将比武,不想被尔康打得七零八落。乾隆龙心大悦。藏王为争回面子提议合婚,乾隆为稳定番邦同意将塞娅公主指婚予福尔康,福尔康与皇上据理力争,终于纸包不住火将紫薇的身世说出,至此紫薇身份大白,小燕子难逃欺君之罪。小燕子以其口才和皇上力争,加上紫薇愿与小燕子同生共死,皇上终于软化,紫薇、尔康、小燕子、永琪这两对有情人终成眷属。因为该剧是琼瑶首次尝试将女主角定为一个无厘头的小燕子,与以往她写的苦情戏女主角都不相同,在最初开拍时,并没有报太大希望,那个时代,因为大家拍历史剧、宫廷剧都很严肃,算是她的一个新尝试,没有想到最后会成为经典。